Вступив в нацистскую партию в октябре 1929 года, уже через год Еккельн стал членом СС, а через три был избран депутатом рейхстага, немецкого парламента. Запомнившийся своей безжалостностью и жестокостью, Еккельн принимал личное участие в ликвидации членов левых и других оппозиционных партий.
Применяя собственноручно изобретенный метод массового убийства, известный как «Система Еккельна», в котором еще живых людей заставляли раздеваться и ложиться в свежевырытые братские могилы, Еккельн осуществил три самые ужасные нацистские казни Второй Мировой: в Румбале (ноярь-декабрь 1941 года, казнено 25 тыс. человек), в Бабьем яру (сентябрь 1941 года, казнено более 180 тыс. человек) и в Каменец-Подольском (июнь 1941 года, казнено около 24 тыс. евреев).
За массовую казнь в Румбуле Еккельн был награжден железным крестом. В апреле 1945 года он был схвачен русскими войсками и в начале 1946 года предстал перед рижским военным судом. На суде убийца был спокоен и признал свою вину: «Я должен понести ответственность за все, что СС, СД и Гестапо сотворили в восточных землях. Моя судьба в руках суда и я лишь прошу учесть смягчающие обстоятельства. Свой приговор я сочту справедливым и приму его в полном раскаянии«.
Признанный виновным в военных преступлениях, 3 февраля 1946 года Еккельн был повешен на площади Победы в Риге.